La zone géographique correspond en grande partie aux formations sédimentaires du Bassin parisien, avec des substrats majoritairement calcaires.
Une bande de sables et d'argiles générant des sols siliceux traverse le département du sud-ouest au nord-est, entre les régions de l'Auxerrois et de l'Avallonnais.
La craie est localement masquée par des formations d'argiles et sables à silex du Cénozoïque sur les plateaux du Sénonais.
Au sud du département, le Morvan se caractérise par la présence de granite, donnant des sols très acides.
L'ensemble de la zone est drainée par la rivière Yonne et ses affluents, coulant vers le nord-ouest et le centre du Bassin parisien où elle se jette dans la Seine.
Les paysages sont constitués de grandes vallées alluviales et de plateaux recoupés par des cuestas, reliefs parfois vigoureux formés par l'érosion différentielle des calcaires durs et des niveaux tendres.
Le climat océanique légèrement modifié par des influences continentales présente des précipitations modérées et régulières, seulement 650 millimètres annuels à Auxerre, sans sécheresse estivale affirmée.
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À propos du contour · aire approchée
Aire approchée — réunion des 423 commune(s) de l'aire délimitée (INAO) ; pas de délimitation parcellaire pour cette dénomination.